علی خلیلی:علی خلیلی به عنوان یکی از فرماندهان ارشد سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در نقض گسترده و جدی حقوق بشر در ایران نقش مهمی ایفا می‌کند. او در مقام یکی از مسئولان ارشد قرارگاه ثارالله تهران در جریان اعتراضات سال ۱۳۸۸ در ایران در نقض حقوق شهروندان به ویژه حق اعتراض و حق حیات مشارکت مستقیم داشته و در برابر آن مسئول است.خلیلی به دلیل همین عملکرد از فروردین ۱۳۹۰ در لیست تحریم‌های حقوق بشری اتحادیه اروپا قرار گرفته است. به گفته اتحادیه اروپا خلیلی در جریان اعتراضات پس از انتخابات سال ۱۳۸۸ در ایران مسئولیت واحد بهداشت و درمان قرارگاه ثارالله تهران را بر عهده داشته و در نامه محرمانه‌ای که پنجم تیر ۸۸ خطاب به وزارت بهداشت نوشته، صدور هرگونه سند و مدرک پزشکی برای افراد آسیب دیده و مجروح شده در جریان اعتراضات را ممنوع اعلام کرده است.
حق آزادی، حق اعتراض و حق حیاتعلی خلیلی در مقام یکی از فرماندهان ارشد قرارگاه ثارالله تهران در جریان اعتراضات پس از انتخابات سال ۱۳۸۸ در ایران در برابر سرکوب خشونت بار معترضان مسئول است. این قرارگاه مسئولیت اصلی تامین امنیت تهران و برخورد با معترضان را بر عهده داشته است. بر اساس تایید صریح فرماندهان سپاه پاسداران از جمله عبدالله عراقی فرمانده وقت سپاه محمد رسول الله تهران قرارگاه ثارالله نقش اصلی را در سرکوب اعتراضات سال ۱۳۸۸ بر عهده داشته است.در همین زمینه اسماعیل کوثری از فرماندهان ارشد سپاه که خود سابقه حضور در قرارگاه ثارالله تهران را دارد نقش سپاه در سرکوب معترضان در جریان اعتراضات سال ۱۳۸۸ را تایید کرده است. کوثری آبان ماه همان سال در این باره گفته: «در حوادثی که بعد از ۲۲ خرداد [۱۳۸۸] پیش آمد، ابتدا وزارت اطلاعات و ناجا وارد عمل شدند، ولی بعد که دامنه اغتشاشات و درگیری‌ها گسترده شد، قرارگاه ثارالله طبق تشخیص شورای عالی امنیت ملی وارد عمل شد».عبدالله عراقی خود مهر ماه ۸۸ با تایید نقش سپاه محمدرسول الله و قرارگاه ثارالله در سرکوب معترضان گفته بود: «نیروی انتظامی اعلام کرد احتیاج به کمک بسیجیان برای کنترل اغتشاشات دارد، نیروهای بسیجی وارد عرصه شدند، که این اعلام نیاز در روز ۲۳ خردادماه اتفاق افتاد و بخشی از نیروهای بسیجی به کمک آنها رفتند، اما از ۲۵ خردادماه تمام مسئولیت برعهده‌ی سپاه و نیروهای بسیجی گذاشته شد که تا ۲۵ مرداد ماه ادامه داشت.» به گفته او «بر اساس قانون اساسی سپاه و بسیج وظیفه دفاع از نظام و دستاوردهای آن را بر عهده دارند و هر جا احساس کنند به نظام خدشه وارد شود، باید وارد شوند و ما احساس کردیم در این مرحله [اعتراضات سال ۱۳۸۸] خدشه به نظام وارد گردیده است.»محمدعلی جعفری فرمانده پیشین سپاه پاسداران، بهمن ماه ۱۳۹۸ نیز با تایید و تاکید بر نقش سپاه در سرکوب معترضان در سال ۸۸ از مشارکت قاسم سلیمانی در این سرکوب سخن گفت. حسین همدانی فرمانده وقت سپاه تهران (پس از سیدمحمد حجازی) در سال ۸۸ نیز تاکنون بارها بر نقش سپاه تهران در سرکوب معترضان در اعتراضات آن سال تاکید کرده است. علی خلیلی نیز صراحتا نقش خود در سرکوب اعتراضات پس از انتخابات سال ۱۳۸۸ را تایید کرده است. او خرداد ماه ۱۳۹۵ در این زمینه گفته: «در آن دوران بنده مسئولیت هایی بر عهده داشتم [در قرارگاه ثارالله تهران] که متاسفانه نمی‌توان بسیاری از آنها را رسانه‌ای کرد. در فتنه ۸۸ حدود ۴۵ روز به صورت شبانه روز در قرارگاه ثارالله حضور داشتم.» به گفته خلیلی سپاه در جریان اعتراضات سال ۸۸ «در قرارگاه ثارالله موفق به کنترل و مدیریت اتفاقات سال ۸۸» شد.نقش خلیلی در سرکوب اعتراضات سال ۸۸ اما آنجایی بیشتر به چشم آمد که در سال ۸۸ نامهای محرمانه با مهر و امضای او از سوی قرارگاه ثارالله تهران خطاب به وزارت بهداشت منتشر شد که در آن صدور و تحویل هرگونه سند و مدرک پزشکی از سوی بیمارستان‌ها به مجروحان اعتراضات ممنوع اعلام شده بود. خلیلی خود خرداد ۹۵ درباره مجروحان و جانباختگان اعتراضات گفته بود: «به نظر بنده ما تلفات زیادی در آن دوران نداشتیم. چرا که برخی کشته‌ها به مرگ طبیعی فوت می‌شدند و فتنه گران آن اسامی را کشته‌های جنبش سبز معرفی می‌کردند. در واقع با کشته سازی سعی در تشویش اذهان عمومی داشتند.»آمار دقیقی از تعداد کشته شدگان اعتراضات سال ۸۸ در دست نیست اما بر اساس گزارش منابع مختلف دستکم ۱۱۲ نفر در جریان این اعتراضات کشته شدند که بیشترین آنها در تهران بوده است.علی مطهری نماینده مجلس شورای اسلامی در ایران کشته‌شدگان تظاهرات ۳۰ خرداد ۸۸ در تهران را بین ۴۰ تا ۵۰ نفر اعلام کرده است.پیش از آن و در جریان تظاهرات روز ۲۵ خرداد در تهران نیز دستکم ۲۰ نفر از معترضان کشته شدند.علی خلیلی همچنین به عنوان جانشین قرارگاه ثارالله در سال ۱۳۹۸ در برابر سرکوب خشن و گسترده شهروندان مشارکت کننده در اعتراضات آبان آن سال مسئول است. سپاه محمد رسول الله تهران، سپاه سیدالشهدا تهران و همچنین سپاه امام حسن استان البرز زیر نظر و فرماندهی قرارگاه ثارالله تهران فعالیت می‌کنند. گزارش‌های منتشر شده نشان می‌دهند در جریان اعتراضات سراسری آبان ۹۸ نیروهای بسیج و سپاه در استان تهران و البرز در سرکوب معترضان مشارکت مستقیم داشته‌اند.محمدرضا یزدی فرمانده وقت سپاه محمد رسول الله تهران نیز آذر ماه ۹۸ با تایید تلویحی مشارکت نیروهای سپاه محمد رسول الله در سرکوب معترضان و کشته شدن آنها توسط آتش ماموران سپاه گفته بود: «این مورد [کشته شدن معترضان توسط ماموران سپاه] در حال بررسی است. در وضعیت کنونی امکان تایید یا تکذیب این موضوع نیست.»در گزارش خبرگزاری رویترز در دی ماه ۱۳۹۸ همچنین به نقش نیروهای سپاه و بسیج در کشتار معترضان به صراحت اشاره شده و به نقل از منابعی گفته می‌شود که رهبر جمهوری اسلامی برای سرکوب اعتراضات از نیروهای سپاه و بسیج استفاده کرده است.در گزارشی نیز که سازمان عفو بین الملل در پایان اردیبهشت ماه ۱۳۹۹ در مورد جان باختگان اعتراضات آبان ماه ۹۸ منتشر کرده به صراحت بر نقش ماموران سپاه و بسیج در کشتار معترضان تاکید شده است. بر اساس این گزارش «به جز چهار مورد، همه قربانیان بر اثر اصابت گلوله‌های نیروهای امنیتی – از جمله اعضای سپاه پاسداران و بسیج و مأموران نیروی انتظامی – جان باخته‌اند؛ گلوله‌های مرگبار این نیروها اغلب به سمت سر یا بالاتنهٔ قربانیان شلیک شده، و این نشان می‌دهد که هدف آنان شلیک به قصد کشتن بوده‌است.»
مرداد 1401: هرانا در گزارشی به وضعیت بازداشتگاه یک-الف واقع در شرق تهران و تحت مدیریت قرارگاه سپاه ثارالله سپاه پاسداران پرداخت. براساس این گزارش این بازداشتگاه از جمله اماکنی است که در سالهای اخیر بعنوان محل جدید بازداشت شدگان توسط این نهاد مورد استفاده قرار گرفته است، توسل به ضرب و شتم و تلاش برای اخذ اعترافات اجباری امری مسبوق به سابقه در این مکان است. بر اساس اطلاعات راستی آزمایی شده توسط هرانا این محل با موقعیت جغرافیایی ۳۵°۳۹’۰۸.۹″N 51°۳۳’۲۳.۳″E پس از شهرک امیرالمومنین در نزدیکی قرارگاه لشکر ۲۷ محمد رسول الله در منطقه دوشان تپه تهران قرار دارد. یک شاهد عینی و از بازداشت شدگان پیشین قرارگاه ثارالله میگوید که دسترسی به هواخوری بسته به نظر بازجو دارد: “خیلی روزها آنقدر بازجویی طول می کشید که به هواخوری نمی رسیدیم. ولی اگر متهم با بازجو همکاری نکند ممکن است اجازه ندهند به هواخوری برود، یا برعکس، گاه برای تشویق به اعتراف مدت بیشتر و در تایم های بهتری مثل شب ها به متهم هواخوری می دهند. گاه برای تشویق به اعتراف سیگارهای خیلی گران و غذاهای بهتر از معمول با میوه ها و شیرینی و … می دهند. گاه تایم تلفن را بیشتر می کنند و گاه برای تنبیه همه اینها را می گیرند.” (هرانا- معرفی بازداشتگاه امنیتی الف-یک وابسته به قرارگاه ثارالله سپاه) هفته آخر شهریور ماه 1401 آغازی بر دور جدید اعتراضات گسترده مردمی شد. اعتراضاتی که در زمان تهیه‌ی این شرح همچنان ادامه دارد. این اعتراضات با جان باختن مهسا (ژینا) امینی در پی عملکرد گشت ارشاد آغاز شد و اما ابعادی گسترده به خود گرفت. این اعتراضات گسترده در بسیاری از نقاط کشور اما با برخورد شدید نیروهای انتظامی و امنیتی سرکوب شد و ده‌ها شهروند کشته و زخمی وشهروندان بسیاری بازداشت شدند. در تهران نیز به عنوان یکی از این مراکز اصلی اعتراضات در کشور مردم معترض در آن به خیابان ها ریختند و توسط نیروهای انتظامی، نظامی و امنیتی سرکوب شدند. در این سرکوب ها شهروندان بسیاری به نامهای محمد زمانی 16 ساله، عرفان نظربیگی، افشین شهامت، سیاوش محمودی 16 ساله، نیکا شاکرمی 16 ساله، محمدجواد فرمانی، احسان خان محمدی، امیرمهدی فرخی پور 17 ساله، سیدعلیرضا حسینی، جواد خوانساری، محمدامین تکلی، محسن موسوی، ستاره تاجیک 17 ساله، مصطفی شاملو، امید مهدوی، ایمان بهزادپور، نگین صالحی، سپهر شریفی طرقبه، آرنیکا قائم مقامی 17 ساله، مقداد عزیزی، صدف موحدی، رضا اسماعیل زاده، پریسا بهمنی، سامان قادرپور، میلاد جاویدپور، امیرحسین رومیانی نظری، نسرین قادری، علی روزبهانی، نوید بادپا، امید برزگر، محمدحسین فرجی، مرتضی سلطانیان، مهدی حیدری، میثم مقدسی، بهار خورشیدی، سامان رحمانی، حمید گلی، اصغر آقایی، حمیدرضا روحی، شعیب حیدری، محمدحسین کمندلو 17 ساله، مسعود دولتشاهی، امین خانلو 16 ساله، فرزین معروفی، اصغر هژیرلطف، محمد مهردادی و روح الله عابدینی به ضرب گلوله، اصابت ضربات باتون و سایر دلایل جان باختند. (هرانا – زن، زندگی، آزادی؛ گزارش تفصیلی از ۸۲ روز اعتراض در سراسر ایران) به علاوه شهروندانی همچون امیر عزیزی نیز درجریان اعتراضات توسط نیروهای سپاه ثارالله بازداشت شدند. (هرانا- اعتراضات سراسری؛ امیر عزیزی به ۱۱ سال حبس و ۷۴ ضربه شلاق محکوم شد)
4 خرداد 1402: در پی شکایت قرارگاه ثارالله سپاه، بهروز بهزادی، مدیرمسئول روزنامه اعتماد توسط دادگاه مطبوعات، به شش ماه حبس و پرداخت پانزده میلیون تومان جزای نقدی محکوم شد. نهایتا محکومیت آقای بهزادی به یک سال محرومیت از فعالیت مطبوعاتی تبدیل شد. (هرانا- بهروز بهزادی، مدیرمسئول روزنامه اعتماد به حبس و جزای نقدی محکوم شد) (هرانا- بهروز بهزادی، روزنامه نگار به یک سال محرومیت از فعالیت مطبوعاتی محکوم شد)
