علی فضلیعلی فضلی به عنوان یکی از فرماندهان ارشد سپاه پاسداران در برابر نقض جدی و گسترده حقوق بشر توسط ماموران خود مسئول است. او به ویژه در مقام جانشین قرارگاه ثارالله تهران در جریان اعتراضات دانشجویی تیرماه ۱۳۷۸ و در مقام فرمانده سپاه سیدالشهدا تهران در جریان اعتراضات سال ۱۳۸۸ در نقض حق اعتراض و حق حیات شهروندان مشارکت مستقیم داشته است.او به دلیل همین نقش از فروردین ۱۳۹۰ در لیست تحریمهای حقوق بشری اتحادیه اروپا قرار دارد. ایالات متحده آمریکا نیز در فروردین ۱۳۹۱ علی فضلی را به دلیل مشارکت در «سرکوب خشن اعتراضات مسالمت آمیز پس از انتخابات ۸۸» در لیست تحریمهای حقوق بشری خود قرار داد.آزادی بیان، حق اعتراض و حق حیات:
علی فضلی در مسئولیتهای متفاوتی که در سپاه داشته به ویژه در مقام جانشین قرارگاه ثارالله تهران در جریان اعتراضات دانشجویی تیر ماه ۱۳۷۸ و همچنین در مقام فرمانده سپاه سیدالشهدا تهران در جریان اعتراضات سال ۱۳۸۸ در نقض جدی حقوق شهروندان به ویژه حق اعتراض و حق حیات مشارکت مستقیم داشته است. جدای از حضور نیروهای تحت فرماندهی علی فضلی در سرکوب دانشجویان و معترضان، این فرمانده ارشد سپاه خود شخصا اقدام به مدیریت و فرماندهی عملیات سرکوب کرده است.علی فضلی نقش خود در مشارکت در سرکوب دانشجویان در تیر ماه ۱۳۷۸ را تایید کرده است. به گفته او نیروهای قرارگاه ثارالله سپاه، یعنی جایی که در تیر ماه ۱۳۷۸ فضلی مسئولیت جانشین فرمانده آن را برعهده داشته، با درخواست شورای عالی امنیت ملی و موافقت رهبر جمهوری اسلامی اقدام به سرکوب دانشجویان معترض میکنند. علی فضلی مهر ماه ۱۳۹۳ در این زمینه گفته: «دقیقا تا شب ۲۳ تیر ماه، شورای امنیت ملی بعد از طی یک فرایند و گذشت درگیری هایی در میدان انقلاب، فردوسی، داخل ستاد محل نماز جمعه که به آتش کشیده شد، اجتماعات داخل دانشگاه تهران، از محضر فرمانده کل قوا درخواست کردند و فرمانده قرارگاه ثارالله تهران رسما وارد شد».علی فضلی همچنین در پاسخ به سوالی درباره میزان نقش سپاه در سرکوب اعتراضات دانشجویی تیر ماه ۱۳۷۸ تاکید کرده این نقش موثرتر از آن چیزی است که پیشتر تصور میشده است. به گفته او «ما بیشتر از این حرفها به این برادران [نیروی انتظامی] کمک کردیم.»اسماعیل کوثری از دیگر فرماندهان ارشد سپاه و فرمانده وقت لشکر محمد رسول الله سپاه تهران نیز بعدتر نقش سپاه تهران و قرارگاه ثارالله در سرکوب دانشجویان معترض در تیر ۱۳۷۸ تایید کرد. به گفته او «در حوادث ۱۸ تیر ۷۸ در چهار، پنج روز اول قرارگاه اصلا وارد عمل نشد، اما بعد از آن چون دیدند اوضاع به صورتی است که نمیتوانند آن را کنترل کنند، مسئولیت به قرارگاه سپرده شد. در سال ۷۸ وقتی دیدند کار به جای باریک کشیده شده است و تخریبها شدید شده و ناجا و وزارت کشور نمیتوانند مقابله کنند، مسئله به شورای عالی امنیت ملی محول شد. در شورا هم تصمیم گرفته شد ماموریت را به سپاه بدهند و سپاه هم به قرارگاه واگذار کرد و در نهایت هم قرارگاه مسئولیت کنترل را برعهده گرفت.» (تصاویری از کوی دانشگاه تهران پس از حمله ماموران امنیتی)در جریان اعتراضات دانشجویی تیرماه ۱۳۷۸ دستکم دو تن از دانشجویان شامل عزتالله ابراهیم نژاد و سعید زینالی کشته شدند.علی فضلی در مقام فرمانده سپاه سیدالشهدا استان تهران در جریان اعتراضات سال ۱۳۸۸ نیز در سرکوب معترضان مشارکت مستقیم داشته است. او خود این نقش مستقیم را تایید کرده است. علی فضلی دی ماه ۱۳۹۵ در مورد نقش خود در مدیریت عملیات سرکوب گفته: «در زمان اغتشاشات ۸۸ بنده در سپاه حضرت سیدالشهدا (ع) خدمت میکردم، به محض شروع اقدامات فتنهگران دستور برگزاری جلسه شورای تامین استان را صادر کردم و در اتاق مانیتورینگ تهران حضور پیدا کردم.» (تصاویر سرکوب معترضان توسط نیروهای امنیتی)اسماعیل کوثری از فرماندهان ارشد سپاه که خود سابقه حضور در قرارگاه ثارالله تهران را دارد نیز نقش سپاه در سرکوب معترضان در جریان اعتراضات سال ۱۳۸۸ را تایید کرده است. به گفته کوثری: «در حوادثی که بعد از ۲۲ خرداد [۱۳۸۸] پیش آمد، ابتدا وزارت اطلاعات و ناجا وارد عمل شدند، ولی بعد که دامنه اغتشاشات و درگیریها گسترده شد، قرارگاه ثارالله طبق تشخیص شورای عالی امنیت ملی وارد عمل شد».عبدالله عراقی فرمانده سپاه محمدرسول الله که زیر مجموعه قرارگاه ثارالله تهران است نیز مهر ماه ۸۸ با تایید نقش سپاه محمدرسول الله و قرارگاه ثارالله در سرکوب معترضان گفته بود: «نیرویهای بسیجی به درخواست نیروی انتظامی روز ۲۳ خرداد (یک روز پس از انتخابات) وارد عمل شدند اما از ۲۵ خرداد تمام مسئولیت بر عهده سپاه و نیروهای بسیجی گذاشته شد که تا ۲۵ مرداد ماه ادامه داشت.»آمار دقیقی از تعداد کشته شدگان اعتراضات سال ۸۸ در دست نیست اما بر اساس گزارش منابع مختلف دستکم ۱۱۲ نفر در جریان این اعتراضات کشته شدند که بیشترین آنها در تهران بوده است.علی مطهری نماینده مجلس شورای اسلامی در ایران کشتهشدگان تظاهرات ۳۰ خرداد ۸۸ در تهران را بین ۴۰ تا ۵۰ نفر اعلام کرده است.پیش از آن و در جریان تظاهرات روز ۲۵ خرداد خرداد نیز دستکم ۲۰ نفر از معترضان کشته شدند. (فیلم تیراندازی نیروهای بسیج به معترضان در 25 خرداد 1388)